据Hugging Face博客2026年10月21日消息，NVIDIA与华盛顿大学蛋白质设计研究所共同开发的BioNeMo开放模型RFD4-Proteina，已可在Hugging Face Spaces的浏览器界面中运行，用户无需安装即可尝试可编程蛋白质设计。该模型将蛋白质序列与全原子结构生成整合到同一个模型中，减少了过去在骨架、序列和全原子结构设计模型之间来回交接所造成的环节与信息损失。

RFD4-Proteina可在外源分子环境中生成蛋白质，这些环境包括其他蛋白质、小分子、核酸、聚糖、金属离子和修饰氨基酸，例如靶蛋白上的磷酸化残基。模型由流匹配模型和自编码器组成：自编码器将标准或修饰氨基酸、糖、DNA或RNA核苷酸表示为一个锚点原子坐标（氨基酸为α碳）以及一个学习得到的潜在向量，用于编码其化学身份和局部几何；流模型同时生成锚点坐标和潜在向量，解码器再将其扩展为全原子三维结构和序列。由此，模型能够围绕给定约束同时生成序列和结构，例如结合物需要作用的靶点，或蛋白质必须包含的催化基序。

访问入口有两个Hugging Face Space：运行在专用GPU上的RFD4-Proteina Space，以及运行在共享容量上的ZeroGPU Space。2026年10月21日至11月4日，NVIDIA赞助专用Space的免费访问，该Space运行在NVIDIA RTX PRO 6000 GPU上。博客称，用户可将免费窗口用于自己的设计问题，包括Anthropic和Adaptyv赞助的蛋白质设计竞赛。11月4日赞助窗口结束后，专用Space不再免费，但ZeroGPU Space仍可免费使用，需遵守Hugging Face账户配额。

两个Space均运行AtomWorks Studio，这是一个基于浏览器的分子输入查看器和注释编辑器，也可独立运行。内置PD-L1示例展示了生成前的靶点及其设计注释，可扩展的结合物片段是输入规格的一部分。每个设计至少需要定义设计上下文：希望设计结合物的蛋白质结构靶点、结合物应结合的区域，以及设计过程需要作用的具体残基或原子，这些作用点称为热点，直接标记在靶点原子上。

按示例默认设置生成单个设计后，设计结果会出现在交互式查看器中。用户可以定位设计的蛋白质和给定靶点，检查设计蛋白质是否接触标记的靶点热点，并下载生成的设计、注释靶点及其复合物的CIF文件，以便与后续运行结果比较。博客提醒记录所用随机种子，作为比较基线。更改种子会在相同设计空间中生成不同样本；还可调整其他生成设置，例如类似大语言模型完善答案的“thinking”设置。下载的注释CIF文件携带设计上下文，可在后续会话中重新载入，并用于预测热稳定性或聚集倾向等可开发性属性，以决定哪些设计值得实验表征。博客同时说明，PD-L1示例结果属于计算结果，确认结合仍需实验验证。