据Engadget于10月3日刊出的使用指南，Apple Music的无损音频并非默认开启，用户需要在每一台设备上分别手动设置。该服务在iOS、macOS、Android、Windows等平台均提供无损串流和均衡器功能，各平台在设置路径与蓝牙支持上并不相同。
Apple Music提供两档无损音质：基础无损以CD音质串流，即24位、48千赫；更高一档为高解析无损，规格为24位、192千赫。报道称，使用普通消费级耳机或耳塞、尤其是通过蓝牙收听时，基础无损已是这类设备能够输出的最高品质，开启高解析无损只会额外消耗数据流量；若用户配有专门的Hi-Fi器材，则建议选择高解析无损。
iOS用户需打开“设置”应用，选择“应用”，再进入“音乐”，在“音频”一栏中点击“音质”，打开“无损音频”开关，并在同一页面分别设定Wi-Fi、蜂窝网络和本地下载时使用的音质。均衡器同样位于“音频”区域，点击“EQ”后可选用预设。Android用户则需打开Apple Music应用，点击首页右上角的竖排三点菜单进入“设置”，选择“音质”并开启无损音频开关，同样可分别设定串流与下载音质。若在Android上启用高解析无损，应用会弹出提示，说明需要专用硬件才能发挥其效果。Android版没有应用内均衡器，点击“设置”中的“均衡器”会跳转到手机系统的音频设置。
两个平台在蓝牙上存在差异。报道指出，iOS不支持高解析蓝牙编解码器：Android用户可借助特定的无线耳机或耳塞使用无损音质，iPhone用户则只能通过有线播放设备体验。除非使用有线耳机或购买高解析蓝牙适配器，否则即便蓝牙耳机标称支持高解析播放，也无法听到24位、48千赫的无损音质，更高规格的高解析无损更无从谈起。
macOS用户打开Apple Music应用后，点击屏幕顶部菜单栏左侧的“音乐”，进入“设置”，再点击“播放”标签页，勾选“启用无损音频”即可。Windows 11用户打开应用后，点击左侧导航菜单顶部与Apple Music标志平行的三个横向圆点，从下拉菜单进入“设置”，然后在“串流”和“下载”两个下拉菜单中分别选择所需音质：前者控制联网播放时的音质，后者控制歌曲存储在本地供离线播放时的音质；首次启用无损或高解析无损时可能需要确认。
两个桌面平台的Apple Music也都提供均衡器，为十段式，附带多组预设和前置放大器，并可将自定义设置保存为新的预设。